En la sesión del 18 de septiembre de 1810, los juntistas gritaron a voz en cuello: "¡Junta queremos! ¡Junta queremos!". El anciano Mateo De Toro y Zambrano (a la sazón de 83 años) accedió y entregó el bastón ceremonial, agregando: "He aquí el bastón. Disponed de él y del mando". Siete de los más notables vecinos de Santiago fueron elegidos a la Junta de Gobierno, incluyendo a Toro y Zambrano como Presidente.
La junta reconoció explícita mente la soberanía de Fernando VII.7 La Real Audiencia de Santiago continuó dispensando justicia en su nombre y los funcionarios del antiguo régimen (incluyendo los cargos militares) fueron confirmados en sus posiciones. La junta incluso reconoció formalmente el Supremo Consejo de Regencia de Cádiz y justifico su constitución notando "que la misma Regencia con su manifiesto de catorce de febrero último, ha remitido el de la instalación de la Junta de Cádiz, advirtiendo a las Américas que ésta podrá servir de modelo a los pueblos que quieran elegirse un Gobierno representativo digno de su confianza" (Acta de Instalación de la Excelentísima Junta de Gobierno). Ningún español o criollo, conformista o no, sufrió como consecuencia de sus ideales políticos. De esta manera, comenzó la Patria Vieja.
Sin embargo esa situación era más bien confusa y no contemplaba ni resolvía el otro problema de fondo: la exclusión de la vida política de muchos del sector criollo y la totalidad del mestizaje (La población indígena no era considerada en absoluto). De hecho, el "electorado" de la época se restringía, de acuerdo al sistema político y legal de la época, al "vecindario noble", sector constituido en su mayoría por aquellos nacidos en España, los que se consideraban miembros de la nobleza y los miembros del aparato administrativo colonial a nivel local. Abusando imprudentemente de ese privilegio, el sector monarquista no creyó necesario contemplar las aspiraciones de los criollos o buscar un consenso,8 lo que produjo una agudización de los sentimientos "exaltados" de ese sector. Esta situación se hizo obvia con la muerte de Toro y Zambrano (fines de febrero de 1811), lo que permitió que Juan Martínez de Rozas, quien llegó a ser visto como líder de los criollos, aumentara su poder, lo que le permitió promover otros criollos a posiciones de autoridad y solicitar ayuda militar a las Provincias Unidas del Río de la Plata en su lucha contra la monarquía.
Bajo la influencia de Martínez de Rozas y alegando que la Junta representaba sólo a los vecinos de Santiago, se convocó a elecciones para designar un Congreso Nacional.9 Sin embargo, y a pesar de la creciente influencia del criollismo, el sentir general todavía era de la tendencia moderada que se había hecho sentir en la elección y primeros actos de la Junta. Siendo así las cosas, es posible que la situación política se hubiera consolidado en ese compromiso, por lo menos hasta el fin de las guerras napoleónicas.
Pero la Real Audiencia consideró que la situación en general y la elección en particular eran anti-monárquicas y conspiró con el Coronel realista Tomás de Figueroa, compandante de las tropas, quien el 1 de abril de 1811 se sublevó con la intención de disolver la Junta e impedir las elecciones al Congreso.10 El suceso, conocido como "El Motín de Figueroa", enfrentó las tropas de éste con las de del recién formado Granaderos N°1 al mando de Juan Mackenna, batiéndose en la Plaza de Armas de Santiago por lo que constituye el primer combate por la independencia de Chile.
El motín terminó con 56 muertos y el Coronel apresado, enjuiciado sumariamente y fusilado.11 La Real Audiencia fue disuelta y reemplazada con una Cámara de Apelaciones. Continuando con el espíritu conciliador que había caracterizado el movimiento, los miembros de la audiencia no fueron ni privados de su libertad ni de sus bienes. Sin embargo, mucha de la población que permanecía indecisa culpó al partido monarquista de la situación y este perdió apoyo, con el resultado que en las elecciones para el Congreso los monarquistas se sumaron a la mayoría de los conciliacionistas, y, abusando del sistema, eligieron a la totalidad de los candidatos monarquista y moderados, alrededor de las propuestas a instaurar un gobierno local leal a la monarquía pero con alguna autonomía y ayudar a España en su guerra de independencia. Los exaltados, que predicaban la independencia de Chile, quedaron en minoría pero con una creciente representación en el sector criollo y mestizo. Los problemas de fondo todavía permanecían no resueltos.
Los primeros debates del primer congreso, instaurado el 4 de julio de 1811, fueron expresión de esa situación, centrándose en dos áreas principales: el hecho que por Santiago se habían elegido a 12 diputados (cuando la convocación original fue por 6 por provincia) y una petición de la Regencia que Chile contribuyera a los gastos de la guerra contra Napoleón. Los “exaltados” lograron evitar esa remisión, argumentando que el país era pobre y necesitaba los caudales. Sin embargo, su propuesta de reconocer a Coquimbo como provincia con el derecho a elegir seis diputados fue rechazada.
Esto llevó a dos movimientos con intenciones similares pero independientes entre sí. El 4 de septiembre de 1811, tuvo lugar el Primer golpe de Carrera, quien -con sólo 26 años- buscaba remover del congreso a los sectores partidarios del antiguo régimen. Al día siguiente, en la que fue conocida como la Revolución del 5 de septiembre, un cabildo abierto, organizado por los exaltados de Concepción, liderados por Juan Martínez de Rozas reemplaza a los antiguos diputados de la provincia, eligiendo “independentistas” en su lugar.
Lo anterior dejó al congreso con una mayoría más progresista, dando lugar a una expresión más fuerte del nuevo espíritu ilustrado y liberal, pero aún no dispuesta a declarar formalmente la independencia. Se reafirmó el sentido general de lealtad al rey de la proclamación original de la Junta. Al mismo tiempo se proclamó la libertad de comercio (con algunas excepciones a favor de los tejidos) y se reformaron los Cabildos decretándose que los cargos de regidores y otros (antiguamente obtenidos en remate público) serían cargos de elección. Algunos puestos de administración pública considerados inútiles fueron abolidos y el salario del resto disminuido. Se decretó la libertad de prensa y se estableció que el clero sería pagado por el fisco (prohibiéndose que cobraran al público por sus servicios). Se ordenó el establecimiento de una fábrica de armamentos y otras instituciones necesarias -incluyendo la breve publicación de lo que posiblemente fue el primer periódico de Chile: "El Despertador Americano"12 -, dudándose incluso si llegó a imprimirse algún número, por lo que "La Aurora de Chile" continúa siendo el más antiguo periódico de Chile.
Finalmente, fue el primer cuerpo legislativo en América que tomó pasos graduales pero prácticos para eliminar la esclavitud a nivel nacional (los hijos de esclavos nacidos después de la fecha de su primera reunión fueron considerados personas libres (libertad de vientres), como lo serían los esclavos que ingresaran al país después de permanecer en el algún tiempo, etc. (Ver abolicionismo). Poco de esto era diferente o contrario, como se ha notado, a los principios de la ilustración española, principios que hasta hacía poco los mismosBorbones habían promovido en España.
No obstante, y dadas las diferentes ideas acerca del mejor camino a tomar (ya sea como país relacionado de alguna manera a la Corona de España o como independiente), existía un clima de mucho recelo e inseguridad frente a las intenciones de los demás. Muchos no querían el poder absoluto de un rey que veían como extranjero y lejano pero otros temían que una democracia llevaría inevitablemente a la anarquía que terminaría con una dictadura al estilo de Napoleón. Algunos eran partidarios de un estado unitario mientras otros temían un poder central fuerte y buscaban un sistema descentralizado o regionalista. No faltaban los que veían en la "lealtad" a un rey prisionero una manera de volver a implementar las costumbres y leyes autárquicas que habían dado hasta no hacía mucho (1791) a los encomenderos poder absoluto en sus tierras, mientras otros buscaban promover los nuevos ideales del progreso a través de la educación generalizada y una legislación moderna y justa. etc. (ver, por ejemplo, Manuel de Salas)
